由于工作方式的特殊性，永磁同步電主軸在工作時，內裝電機和滾動軸承在轉動的過程中將產生大量的熱。再加上永磁同步電主軸結構緊湊、空隙較小、自發散熱效果較弱，所以如果熱量得不到及時的散發，會導致電主軸內部零件之間產生不同程度的熱膨脹，從而影響永磁同步電主軸剛度和加工精度等性能參數，更會嚴重影響主軸的使用壽命。

為此，冷卻方式對于永磁同步電主軸來說是非常關鍵的，對于電主軸的整體冷卻，通常有液體冷卻和空氣強制冷卻兩種方式。其中液體冷卻是指在電主軸的內部設計冷卻水循環，在外部配備相應的冷卻機。

這樣就可以使冷卻液體在永磁同步主軸內部循環帶走內部熱量，這種冷卻方式的優點設計簡單可靠，冷卻效果較為明顯，缺點就是對主軸軸芯的冷卻效果比較差，而且冷卻機的成本比較高。

而空氣強制冷卻則是是指在電主軸的殼體與電機定子之間設計一個強制對流的通道，電機的發熱量通過熱傳導進入到強制對流區，后把熱量帶入空氣中，從而實現電主軸的恒溫工作。

相對比而言，永磁同步電主軸的空氣強制冷卻具有無污染的特點。如果使用靜壓氣體軸承，可以利用靜壓氣體軸承的氣體在主軸內部循環帶走一部分電機的熱量。總之，對永磁同步電主軸進行冷卻散熱很有必要，尤其是進入高溫天氣內。

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